Các hiện vật bằng đá tại di chỉ khảo cổ Phùng Nguyên rất phong phú bao gồm các công cụ lao động, vũ khí đá như rìu có vai, rìu có mấu, rìu tứ giác (1100 chiếc), đục (59 chiếc), dao cưa, mũi lao, mũi giáo, mũi tên, mũi nhọn, chày nghiền, hòn kê, bàn mài, bàn dập. Đồ trang sức đá gồm hơn 500 mảnh vòng đá đủ kích cỡ, khuyên tai, hạt chuỗi hình ống hoặc hình cườm với lỗ khoan rất nhỏ v.v. Ngoài ra còn có các loại hình đồ đá khác như lõi vòng, đá hình chữ nhật mài, thỏi đá mài nhẵn, phác vật rìu, mảnh tước, hòn cuội. Các công cụ, vũ khí, đồ trang sức đá được ghè, đẽo, tiện, cưa, mài với trình độ điêu luyện, sử dụng nhiều chất liệu đá khác nhau như đá Bazan, Diabazan, Spilite và đặc biệt là cả các loại đá bán quý Nephrite, Jadiete. Đồ đá sản xuất ra được mài nhẵn bóng, hình dáng cân đối đều đặn, có góc vuông cạnh thẳng hoặc tròn trặn duyên dáng và kích thước nhỏ nhắn[2]. Về mặt cắt ngang vòng xuyến, có đủ loại: hình vuông, tròn, bán nguyệt, tam giác, chữ nhật, hình thang, và có thêm gờ nổi. Về màu sắc thì từ trắng ngà, tím nhạt đến gan gà, xám xanh, đủ loại. Kiểu loại tuy nhiều, song trong đó vòng mặt cắt hình chữ nhật dẹt chiếm số lượng nhiều hơn cả, trở thành một đặc điểm riêng của vòng trang sức Phùng Nguyên[2] và ở một phương diện nhất định, các vòng đá dẹt này là một đặc điểm dễ nhận biết nhất của văn hóa Phùng Nguyên.

Tại di chỉ khảo cổ Phùng Nguyên cũng đã phát hiện được hơn 10 vạn mảnh gốm và đồ gốm nguyên vẹn của nồi, bình, bát, vật hình nuôi, dọi xe sợi, bi gốm, chạc gốm. Các hiện vật gốm bao gồm khoảng 200 vật dụng còn nguyên vẹn và nhiều mảnh vỡ, phần lớn là các dụng cụ sinh hoạt. Đồ gốm hầu hết thuộc vào loại gốm đất sét có chất liệu rất mịn, không pha cát, thành gốm mỏng, ngoài phủ một lớp áo gốm đen gần như miết bóng. Kỹ thuật tạo chất liệu này hầu như không thấy trong các văn hóa trước và sau Phùng Nguyên[3]. Các hiện vật này được làm bằng bàn xoay là chủ yếu, nằm trong hai nhóm: gốm thô và gốm nung. Gốm nung được qua lửa ở nhiệt độ khoảng 600-7000C. Các mẫu vật gốm cho thấy không chỉ kỹ thuật pha chế đất sét của cư dân Phùng Nguyên đạt trình độ cao, mà ngay cả kiểu dáng đồ gốm cũng thanh thoát nhất trong các hiện vật gốm thời Hùng Vương. Bên cạnh đó, hoa văn trên hiện vật gốm, thường gặp các dạng dây thừng, văn chải, văn in, văn đắp thêm, văn đan, văn khắc vạch chấm dải v.v., được chế tác phức tạp, đối xứng sinh động, có bố cục vừa chặt chẽ vừa phóng khoáng lại được trang trí thành các dải băng[3]. Tất cả các công đoạn làm gốm từ làm đất, tạo kiểu dáng cho đến trang trí hoa văn cho thấy đồ gốm Phùng Nguyên đạt đỉnh cao của hoa văn gốm nguyên thủy ở Việt Nam.

Ngoài các hiện vật gốm, tại di chỉ Phùng Nguyên còn có một số hiện vật chế tác bằng xương có hình mũi nhọn.